創建年代は不祥ですが、「延喜式神名帳」に相模13座の1社として記載されています。
拝殿及び幣殿は、江戸時代の慶応元年（1865）に、相模国梅沢（二宮町）の大工、杉崎周助政貴により再建、建立されました。
伊勢原大神宮の兼務社となっており、御朱印等はそちらで頂くことができます。なお、毎週日曜日（10：00～15：00）は当神社に神職が常駐しています。
拝殿は入母屋造の茅葺で、正面の柱には龍が巻き付き、軒下には亀に出会う浦島太郎、その上には乙姫と竜宮城という珍しい彫刻が彫り出されています。
また、拝殿正面軒下には、山岡鉄舟の筆による「髙部屋神社」の社号額が掲げられています。
本殿は境内北側に建ち、正面の柱間が五間ある五間社流造（ごけんしゃながれづくり）という形式です。
※現在の本殿は関東大震災による倒壊後に建てられたもの
本殿、拝殿共に国の登録有形文化財となっています。
汐汲み神事
毎年9月に行われる神事で、高部屋神社に祀られている住吉大神（大住大明神）が上陸したと言われる大磯の照ヶ崎海岸から海水と浜砂、海藻のホンダワラを採取します。
後日行われる例大祭の時に、浜砂は神社前の道に撒かれ、ホンダワラは拝殿のしめ縄につり下げられます。また海水は火災予防の「鎮火水」として使用されます。